Curso de postgrado Morfometría Geometrica UAM-I

Curso de Postgrado:

"Introducción a la MORFOMETRÍA GEOMÉTRICA"

División de Ciencias Biológicas y de la Salud,

Departamento de Biología,

UAM Iztapalapa. México DF.

28 de Enero al 1^o de Febrero, 2008.

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Financiado por la UAM-I, mediante recursos obtenidos

en el PROMEP, SEP.

Este curso esta dirigido a alumnos de la Maestría en Biología y del Doctorado en Ciencias Biológicas, así como a profesores de la DCBS.

Profesores:

Dr. Efraín De Luna,

Depto. Biodiversidad y Sistemática, INECOL, Xalapa, Ver

Dr. José Antonio Guerrero Enriquez,

Fac. de Ciencias Biológicas, UAEM, Cuernavaca, Mor.

Dra. Alondra Castro-Campillo

Depto. Biologia, CBS, UAM-I, Iztapalapa, México DF

Inauguración

Participantes

Comentarios finales del curso

Galería

Lista de Participantes

Programa Tentativo

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Requisitos. Preferentemente conocimientos previos de morfometría en general. Familiaridad con los conceptos y métodos de la estadística multivariada, particularmente Análisis de Componentes Principales y Análisis de Variables Canónicas. Desde luego, por favor repasen los conceptos básicos de promedio, varianza y correlación. Aquí es donde los apuntes del "kinder" sobre el Teorema de Pitágoras se vuelven importantes.

Plan general. Entraremos en cierto detalle en los métodos de registro, las técnicas de superposición, cálculo de distancias Procrustes, partial warps y relative warps para análisis de ordenación (PCA y CVA) y estadísticos (regresiones, Manovas, calculo de niveles de significancia mediante boostraps)

Horario. El curso esta programado con sesiones matutinas de 9 am a 1pm para presentar conceptos y métodos. Las sesiones vespertinas (posiblemente de 3 a 5 o 6 pm) fundamentalmente consistirán en prácticas con programas del paquete "IMP".

Clases (PDFs, disponibles aquí)

Las claves de acceso a las clases

se distribuirán el lunes 14 de Enero.

Las presentaciones de las clases para las 50 horas de esta semana estarán disponibles en PDFs. El acceso al directorio será restringido para los participantes del curso mediante una combinación de "usuario" y "palabra clave" que deberán solicitar a E. De Luna, después de comprobar su registro.

Libro de texto

El libro de texto que recomendamos es:

Zelditch ML, Swiderski, HD Sheets & WL Fink. 2004. Geometric Morphometrics for Biologists: A primer. Elsevier Academic Press.

Lecturas Básicas

Antes de la semana del curso, por favor lean las siguientes referencias básicas:

Rohlf, F.J. 1990. Morphometrics. Annual Review of Ecology and Systematics 21: 299-316.

Slice D.E 2005. Modern Morphometrics (Chp 1). En: Modern Morphometrics in Physical Anthropology. p1-45. (alguien tiene el PDF?).

Zelditch et al 2004. Introduction (Chp. 1). En: Zelditch ML, Swiderski, HD Sheets & WL Fink. Geometric Morphometrics for Biologists: A primer. Elsevier Academic Press.

Referencias

Aquí encontraran referencias de artículos para las distintas partes del temario. Algunos artículos están disponibles aquí en PDF. Si alguien tiene otros PDFs bienvenidos, por favor envíenlos por correo electrónico para anexarlos a la lista.

Libros

Una lista de libros sobre estadística, morfometría y procesamiento de imágenes digitales.

Software para el curso (Windows XP)

Sesiones Prácticas. Generalmente por las tardes dedicaremos sesiones para aprender a usar programas para los métodos de registro (tpsDig), las técnicas de superposición (CoordGen), cálculo de distancias Procrustes, Partial Warps y Relative Warps para análisis de ordenación (PCA y CVAGen).

En preparación para la semana del curso, por favor tomen la iniciativa e instalen tpsDig, tpsUtil y el paquete IMP en la computadora que llevarán al curso. Instrucciones para instalar IMP (PDF).

Enero 22, 2008: Advertencia sobre Windows Vista. El Dr. A. Guerrero nos informa que algunos módulos de IMP no funcionan bien, o no funcionan en Windows Vista. Les sugerimos hacer ensayos en su plataforma y asegurarse que funcione bien IMP para evitar contratiempos. Todos los módulos de IMP funcionan bien en Windows XP.

Enlaces para descargar instaladores de programas para el curso
tpsDig
Para registrar coordenadas.
tpsUtil
Para administrar las tareas de registro
IMP Software
Para generar coordenadas comunes mediante técnicas de superposición (CoordGen) y para ordenar los componentes de la deformación relativa (PCAGen, CVAGen).
Instrucciones para instalar IMP
Manuales para la operación de los programas individuales de IMP (PDFs preparados por D. Sheets)
PAST
Paleontological Statistical Analysis.
PAST User Manual. Excelente introducción a conceptos y las operaciones para hacer los análisis estadísticos. (en PDF).

Imágenes. Lo recomendable es que cada quien tenga sus propias fotos digitales del organismo o estructura que deseen analizar morfométricamente. Recomendamos que al menos tengan disponibles unas 10-15 fotos de cada unidad de muestreo. Por ahora solo dos o tres unidades son suficientes (grupos, poblaciones, ontogenias, áreas geográficas, etc). Por regla general se requieren el doble o triple de imágenes comparables, respecto al número de marcas. Un esquema de 6 marcas (x, y) requiere entonces muestras n= 12 a 18, por cada unidad de muestreo. Así podrán no solo caracterizar las deformaciones en términos de los Partial Warp Scores sino también hacer comparaciones estadísticas entre los dos o tres grupos. Este ejercicio será suficiente para después ampliar el muestreo.

Recomendaciones generales para fotografía digital. Aquí encontraran sugerencias elementales para obtener imágenes apropiadas para registro de datos morfometricos.

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