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Sesiones prácticas

Cada participante deberá traer su equipo de cómputo con algun sistema operativo como Windows, Linux, o MacOS.

Los programas de análisis morfométricos que usaremos existen en versiones para Windows y para MacOS, pero noten que los programas para el registro de coordenadas (tpsUtils, tpsDig) solo hay versiones para Windows.

Todos los programas para Windows funcionan muy bien instalados directamente en LINUX Ubuntu y tambien mediante WINE, PlayOnLinux, o CrossOver. Son estables y muy rápidos! Una lista muy útil de enlaces a otros programas de morfometria y estadistica para LINUX esta aquí >>>

Generalmente por las tardes dedicaremos sesiones para aprender a usar programas para los métodos de registro de coordenadas (tpsDig), las técnicas de superposición (CoordGen, IMP), cálculo de distancias Procrustes, Partial Warps y Relative Warps para análisis de ordenación (PCA y CVAGen, IMP).

Este año también se presentará una sesión demostrativa sobre el uso de la libreria GEOMORPH en el lenguaje R.

En preparación para la semana del curso, es muy importante que tomen la iniciativa e instalen por anticipado los programas, tpsDig, tpsUtil y los paquetes IMP8, MorphoJ y PAST en la computadora que llevarán al curso.

Programas que deben instalar ANTES de la semana del curso:

  1. tpsDig
  2. tpsUtil
  3. IMP8
  4. MorphoJ
  5. PAST
  6. Opcionalmente pueden instalar GEOMORPH, si ya tienen experiencia previa con el uso de R.

Instalación de tpsDig y tpsUtil (solo Windows).

Estos dos programas se instalan sin mayor dificultad en Windows10 y anteriores. Los programas de la serie tps son exclusivamente para Windows, pero también pueden hacerse correr en las MacOS. Una buena opción para instalar y usar estos dos programas en MacOS es mediante WineBottler o WineSkin. Otra opción es usando una máquina Windows virtual con Parallels o VMware Fusion.

Instalación de IMP8 (Windows y Mac).

IMP8 es solo para procesadores a 64 bits. Funciona bien con W10. Alternativamente pueden instalar la version IMP8 para Mac con OSX 10.7 y más recientes. Experiencias recientes confirman que no se puede instalar en OSX 10.6.8 por ejemplo.

Antes de intentar instalar el paquete IMP8 deben leer la descripción en el PDF WhatisIMP.

Las instrucciones para la instalación de los programas que usaremos en el curso estan en sitio web de IMP8.

La instalacion de IMP8 requiere primero descargar y ejecutar:

  • CoordGen8_Win.exe (megalo-installer, compiled versions of MATLAB functions)

Despues de correr CoordGen8, la instalación de los otros programas de IMP8 requiere descargar uno por uno los ejecutables:

  • TwoGroup8_Win.exe (core program of IMP)
  • PCAGen8_Win.exe (core program of IMP)
  • CVAGen8_Win.exe (core program of IMP)
  • Regress8_Win.exe (core program of IMP)
  • PLSMaker8_Win.exe (core program of IMP)
  • MakeFan8_Win.exe (core program of IMP)

Instalación de MorphoJ (Windows, Linux y Mac).

La instalación de MorphoJ requiere tener JAVA. El programa MorphoJ incorpora un conjunto de funciones especialmente útiles para análisis de modularidad, análisis de asimetria y análisis de genetica cuantitativa y selección de la forma. El manual en linea es un excelente texto de morfometría geométrica.

Instalación de PAST (Windows y Mac).

La instalación de PAST (Windows, MacOS) es muy sencilla. Usaremos varias de las funcionalidades para análisis de las coordenadas y para análisis multivariados de las distancias entre puntos. Muy buen manual de ayuda.

Instalación de Geomorph (opcional).

La instalación de R (UNIX, Windows, MacOS) puede iniciarse desde varios sitios CRAN. Aqui se les proporciona el enlace a uno, el de Berkeley: <https://cran.cnr.berkeley.edu/>.

También pueden instalar una consola como interfase gráfica para facilitar el uso de comandos de R. Se les recomienda "RStudio".

El paquete de funciones de R para análisis de morfometría geométrica que se demostrará es GEOMORPH.
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Les sugerimos hacer ensayos en su computadora que traerán al curso y ASEGURARSE que todos los programas, especialmente IMP esten bien instalados y 100% funcionales ANTES del curso para evitar contratiempos. Soliciten ayuda antes del curso escribiendo a cualquiera de los instructores para la instalación de los programas, si asi lo requieren.

Los enlaces en la caja de la derecha llevan a los sitios web donde podrán descargar los instaladores de programas.

Software ...


... para registro de coordenadas
tpsDig >

... para operaciones con archivos tps.
tpsUtil >
 
... Integrated Morphometrics Package
IMP8 (para Windows8 y MacOS X)

... MorphoJ Package >

... Paleontological Statistical Analysis
PAST (Win & Mac >

.. Geomorph (R)
R Package >